As fundações públicas de direito privado, por integrarem a administração pública indireta, sujeitam-se ao controle e à fiscalização do sistema de controle aplicado ao setor público, estando sujeitas à fiscalização contábil, financeira, orçamentária e patrimonial. Consoante essa obrigatoriedade, de acordo com a lei municipal de criação, a Fundação Estatal de Saúde de Niterói − FeSaúde fez constar de seu Estatuto a obrigatoriedade de:
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A Apresentar a prestação de contas à apreciação, somente do Tribunal de Contas da União - TCU, que verificará o cumprimento de suas obrigações e metas, pactuadas no contrato de gestão, bem como demais aspectos de sua gestão técnica, econômica e financeira, relativas a cada exercício fiscal.
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B Submeter à apreciação dos órgãos de controle interno do Município, ao Conselho Municipal de Saúde e ao Tribunal de Contas do Estado, a prestação de contas do cumprimento de suas obrigações e metas, pactuadas no contrato de gestão, bem como demais aspectos de sua gestão técnica, econômica e financeira, relativas a cada exercício fiscal.
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C Fornecer aos órgãos de controle interno do Estado do Rio de Janeiro e ao Conselho Estadual de Saúde a prestação de contas do cumprimento de suas obrigações e metas, pactuadas no contrato de gestão, bem como demais aspectos de sua gestão técnica, econômica e financeira, relativas a cada exercício fiscal.
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D Expor, mensalmente, ao órgão de controle interno da União e ao Conselho Municipal de Saúde, prestação de contas parcial, contendo o cumprimento de suas obrigações e metas, pactuadas no contrato de gestão, bem como de sua gestão técnica, econômica e financeira, executadas em cada exercício fiscal.
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E Sujeitar-se às regras dos órgãos de fiscalização da Receita Federal do Brasil - RFB e apresentar a prestação de contas dos contratos, convênios e termos de parceria, assim como do contrato de gestão, assinado com o Município, à Secretaria de Saúde e à Fundação Municipal de Saúde dentro do exercício fiscal.