De acordo com o Regimento Interno do Deinfra (Decreto n° 1.023/2008), a estrutura organizacional básica do Departamento Estadual de Infraestrutura compreende alguns órgãos.
A Diretoria de Obras Civis, Diretoria de Obras de Transportes, Diretoria de Manutenção e Operação e Superintendências são consideradas órgãos de:
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A Administração.
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B Atividade-Meio.
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C Atividade Finalística.
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D Deliberação Coletiva.
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E Assessoramento ao Presidente.